Virusi zoonotik i shkumës simian në Bangladesh pasqyron modele të ndryshme të transmetimit dhe bashkë-infeksionit

Artikulli i plotë Figurat & të dhënat Referencat Citimet Metrikat Licencimi Ribotimet & Lejet PDF AbstraktViruset simiane të shkumëzuara (SFVs) janë të kudogjendura në primatët jo-njerëzorë (NHPs). Si në të gjithë retroviruset, transkriptimi i kundërt i SFV çon në rikombinim dhe mutacion. Për shkak se më shumë njerëz janë treguar të infektuar me SFV sesa me çdo virus tjetër të lindur simian, SFV është një model potencialisht i fuqishëm për studimin e virologjisë dhe epidemiologjisë së viruseve në ndërfaqen njeri/NHP. Në Azi, SFV ka të ngjarë të transmetohet te njerëzit përmes pickimeve dhe gërvishtjeve të makakut që ndodhin në kontekstin e jetës së përditshme. Ne analizuam sekuenca të shumta provirale nga gjeni SFV gag si nga njerëzit ashtu edhe nga makakët në mënyrë që të karakterizojmë transmetimin retroviral në ndërfaqen njeri/NHP në Bangladesh. Këtu raportojmë prova që njerëzit mund të infektohen njëkohësisht me shtame të shumta SFV, me disa individë të infektuar si nga një shtame SFV autokton ashtu edhe nga një lloj SFV i ngjashëm me SFV që gjendet në makakët nga një zonë tjetër gjeografike. Këto të dhëna, të kombinuara me rezultatet e mëparshme, sugjerojnë se lëvizja e lehtësuar nga njeriu i makaqëve që çon në futjen e shtameve jorezidente të SFV dhe rikombinimi retroviral te makakët kontribuojnë në diversitetin e SFV midis njerëzve në Bangladesh. transmetimi Hyrje Viruset me shkumë (FV) janë një nënfamilje retrovirusësh që janë të shpërndarë gjerësisht në strehuesit vertebrorë, duke përfshirë primatët jo-njerëzor, macet, lopët dhe kuajt.1 Meiering CD, Linial ML. Perspektiva historike e epidemiologjisë dhe infeksionit të virusit shkumë. Clin Microbiol Rev2001; 14: 165-176. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] FV-të janë viruse të lashtë ekzogjenë që transmetohen në mënyrë efikase midis pritësve, por nuk dihet se shkaktojnë sëmundje. viruset me shkumë dhe primatët. Natyra2005;434:376–380. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] Edhe pse pothuajse i kudondodhur në primatët jo-njerëzor (NHPs), virusi i shkumës simian (SFV) nuk është endemik në Homo sapiens. Infeksioni zoonotik i njerëzve me SFV është zbuluar më parë në disa vende dhe në kontekste të ndryshme të kontakteve ndër-specie duke përfshirë laboratorët NHP dhe punonjësit e kopshtit zoologjik në Amerikën e Veriut, punëtorët e "tempullit të majmunëve", pronarët e kafshëve shtëpiake dhe njerëzit që jetojnë rreth makakave të lira në Jug dhe Juglindje Azia dhe gjuetarët e mishit të shkurreve në Afrikën Qendrore.3 Gessain A, Rua R, Betsem E, Turpin J, Mahieux R.HTLV-3/4 dhe retroviruset me shkumë simian tek njerëzit: zbulimi, epidemiologjia, transmetimi midis specieve dhe virologjia molekulare. Virologjia2013;435:187–199. [Crossref], [Google Scholar]Deri më sot, transmetimi i SFV nga NHP te njeriu është dokumentuar në >100 njerëz, shumë më tepër se numri i ngjarjeve të transmetimit ndër-specie për retroviruset e tjerë të njohur të transmetuar nga NHP: virusi i mungesës së imunitetit simian , retrovirus simian D ose virusi limfotrofik i qelizave T simian.3Gessain A, Rua R, Betsem E, Turpin J, Mahieux R.HTLV-3/4 dhe retroviruset me shkumë simian tek njerëzit: zbulimi, epidemiologjia, transmetimi ndër-specie dhe virologjia molekulare . Virologjia2013;435:187–199. [Crossref], [Google Scholar], 4Khabbaz RF, Heneine W, George JRet al. Infeksioni i një punonjësi laboratori me virus imunodefiçence simian. N Engl J Med1994;330:172–177. [Crossref], [Google Scholar],5Lerche NW, Switzer WM, Yee JLet al.Dëshmitë e infeksionit me retrovirusin e tipit simian D në persona të ekspozuar në mënyrë profesionale ndaj primatëve jo-njerëzor. J Virol2001;75:1783–1789. [Crossref], [Google Scholar],6Switzer WM, Bhullar V, Shanmugam Vet al.Infeksioni i shpeshtë i virusit me shkumë simian në persona të ekspozuar në mënyrë profesionale ndaj primatëve jo-njerëzor. J Virol2004;78:2780–2789. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar], 7Kalish ML, Wolfe ND, Ndongmo CBet al.Gjuetarët afrikanë qendrorë të ekspozuar ndaj virusit të mungesës së imunitetit simian. Emerg Infect Dis2005; 11:1928–1930. [Crossref], [Web of Science®], [Google Scholar] Duke pasur parasysh prevalencën e lartë të SFV në NHP dhe diversitetin dhe shtrirjen e ndërfaqes midis njerëzve dhe NHP, vlerësohet se globalisht numri i individëve të infektuar mund të arrijë në dhjetëra prej mijërave.8Engel G, Hungerford LL, Jones-Engel Let al. Vlerësimi i rrezikut: një model për parashikimin e transmetimit ndërmjet specieve të virusit të shkumëzuar të simit nga makakët (M. fascicularis) për njerëzit në një tempull majmuni në Bali, Indonezi. Am J Primatol2006;68:934–948. [Crossref], [Google Scholar],9Switzer WM, Shaohua T, Ahuka-Mundeke Set al.Infeksionet e reja të virusit të shkumëzuar simian nga disa lloje majmunësh te gratë nga Republika Demokratike e Kongos. Retrovirologji 2012; 9:100. [Crossref], [Google Scholar] Për më tepër, disa studime gjatësore të njerëzve të infektuar me SFV sugjerojnë se SFV nuk transmetohet nga një person në tjetrin.10Boneva RS, Switzer WM, Spira TJet al. Karakterizimi klinik dhe virologjik i infeksionit të vazhdueshëm njerëzor me simian viruset me shkumë. AIDS Res Hum Retroviruses 2007; 23: 1330-1337. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] Si i tillë, karakterizimi i faktorëve që ndikojnë në transmetimin zoonotik të SFV mund të ofrojë modelin më të mirë bashkëkohor për të kuptuar se si dhe pse disa viruse NHP janë në gjendje të shkaktojnë të qëndrueshme tek njeriu -transmetimi nga njeriu. Grupi ynë ka studiuar ndërfaqen midis njerëzve dhe NHP në Bangladesh gjatë 6 viteve të fundit, duke u fokusuar në transmetimin ndërmjet specieve të agjentëve infektivë. në Bangladesh, 11–2007. J Virol2013; 87: 558-571. [Crossref], [Google Scholar],12Oberste MS, Feeroz MM, Maher Ket al. Infeksione picornavirus të fituara natyrshëm në primatët jo-njerëzor në kopshtin zoologjik të Dhakës. J Virol2013; 87: 572-580. [Crossref], [Google Scholar],13Karlsson EA, Engel GA, Feeroz MMet al. Infeksioni i virusit të influencës në primatët johuman. Emerg Infect Dis2012; 18:1672–1675. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] Bangladeshi është një nga vendet më të dendura të populluara në botë, me shumë zona urbane të vendosura brenda ose afër habitateve të NHP. Disa taksa NHP janë vendase në Bangladesh, me makakun rhesus (Macaca mulatta) më i shumti dhe më i përhapuri.14Hasan K, Aziz MA, Alam SMet al. madhësia dhe përbërja. Primate Conserv2013; 26:115–124. [Crossref], [Google Scholar] Ndërsa habitati i pyjeve vazhdon të zvogëlohet, rezusi i vogël, fleksibël ekologjikisht lulëzon në habitatet e ndryshuara nga njeriu, veçanërisht në zonat ku qëndrimet kulturore inkurajojnë tolerancën e tyre.15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al.Dinamika e popullsisë i makakëve rhesus dhe virusit të shkumëzuar të lidhur në Bangladesh. Emerg Microbes Infect2013;2:e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Ndërsa kontakti midis njerëzve dhe makakëve rezus ndodh kryesisht në komunitetet ku makakët janë me rreze të lirë, ai ndodh gjithashtu në faltoret fetare që janë bërë strehë për makakët dhe nëpërmjet pronësisë së kafshëve shtëpiake të makakëve. Përveç kësaj, një popull nomad, i njohur ndryshe si Bade, ose Qalandar, ka udhëtuar në rajon për shekuj me radhë, duke siguruar jetesën duke vënë në skenë shfaqje me makakë të stërvitur. Ndryshe nga Afrika, gjuetia e majmunëve për mish shkurre është e rrallë në Bangladesh, duke u kufizuar në popujt indigjenë në zonat Chittagong Hill Tracts që kufizohen me Mianmarin.16Chowdhury MSH, Halim M, Miah Met al. fisi Mro në Tracts Chittagong Hill, Bangladesh. Int J Biodiversity Sci Manage2007; 3:56–62. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Transmetimi i SFV nga NHP te njeriu mendohet se ndodh më së shpeshti përmes pickimeve. SFV replikohet në mënyrë aktive në mukozën e gojës së majmunëve të infektuar, duke arritur përqendrime të larta në pështymë, ku gjenomike dhe mARN mund të zbulohen lehtësisht.17Murray SM, Picker LJ, Axthelm MK, Linial ML. Objektivat e zgjeruara të indeve për replikimin e virusit të imunitetit të shkumëzuar me replikim imunosupresioni i shkaktuar. J Virol2006; 80: 663-670. [Crossref], [Google Scholar] Megjithatë, dihet relativisht pak në lidhje me mënyrën se si karakteristikat e hostit ose viralit ndikojnë në transmetimin e SFV. Edhe kafshimet e rënda nuk rezultojnë në mënyrë të besueshme në infeksion.9 Switzer WM, Shaohua T, Ahuka-Mundeke Set al. Infeksionet e reja të virusit me shkumë simian nga disa lloje majmunësh te gratë nga Republika Demokratike e Kongos. Retrovirologji 2012; 9:100. [Crossref], [Google Scholar] Anasjelltas, disa njerëz me infeksion të dokumentuar nuk kujtojnë ekspozimin e konsiderueshëm ndaj indit NHP ose NHP. Pyetje të tjera të rëndësishme në lidhje me transmetimin zoonotik SFV dhe infeksionin mbeten të pazgjidhura. Për shembull, ndërsa ADN provirale zbulohet vazhdimisht gjatë dekadave në disa njerëz të infektuar me SFV; individë të tjerë zhvillojnë antitrupa ndaj SFV pa ADN provirale të detektueshme.3Gessain A, Rua R, Betsem E, Turpin J, Mahieux R.HTLV-3/4 dhe retroviruset me shkumë simian tek njerëzit: zbulimi, epidemiologjia, transmetimi midis specieve dhe virologjia molekulare. Virologjia2013;435:187–199. [Crossref], [Google Scholar] Mbetet për t'u zbuluar nëse disa individë pastrojnë infeksionin ose nëse shtame të caktuara virale janë më të afta për të qëndruar. Kërkime të mëtejshme nevojiten për të përcaktuar nëse, analoge me SIV/HIV, në të cilën rekombinimi midis shtameve retrovirale në një nikoqir të ri ishte një ngjarje pararendëse e evolucionit të viruseve pandemike, ka dëshmi se SFV -të rikombinohen në nikoqirët njerëzorë. Janë kryer disa studime për të përcaktuar nëse përqendrimi i SFV në pështymë ndikon ose jo në transmetimin zoonotik, ose si përgjigja imune e njeriut lehtëson ose parandalon infeksionin ose vireminë e vazhdueshme (Soliven et al. dhe Matsen et al., të pabotuara). Dhe ndërsa të dhënat e mbledhura në zona të tjera gjeografike dhe kontekste të tjera të kontaktit njeri-makak kanë dhënë një pasqyrë se si variablat demografikë dhe sjellja e makakut dhe e njeriut kontribuojnë në gjasat e agresionit makaku mbi njeriun, dihet relativisht pak se si këto variabla ndikojnë në retroviral. transmetimi.18Fuentes A, Gamerl S.Pjesëmarrje disproporcionale sipas klasave të moshës/gjinisë në ndërveprimet agresive midis makakëve me bisht të gjatë (Macaca fascicularis) dhe turistëve njerëzorë në pyllin e majmunëve Padangtegal, Bali, Indonezi. Am J Primatol2005; 66: 197-204. [Crossref], [Google Scholar]Këtu paraqesim të dhëna që përshkruajnë ekspozimet njerëzore ndaj makakëve rezus dhe infeksionit me SFV në disa vende në Bangladesh dhe në pronarët e majmunëve të performancës. Shumica e studimeve të tjera janë fokusuar në një rajon të gjenit pol (integrazë), i cili është shumë i konservuar dhe kështu mund të mos zbulojë variacionin e SFV që gjendet tek individët e infektuar të një specieje. Ne kemi marrë klone të shumta nga gjaku i plotë dhe kemi renditur një pjesë të gjenit SGV gag, të zgjedhur mbi pol për të zbuluar variacion më të madh gjenetik SFV, dhe kemi përdorur të dhënat e sekuencës për krahasimin e virusit të gjetur tek njerëzit me atë që gjendet në makakët me të cilët ata ndërveprojnë . Ne tregojmë se njerëzit mund të infektohen njëkohësisht nga shtame të shumta SFV; disa individë janë të infektuar si nga një lloj SFV autokton (me origjinë aty ku gjendet), ashtu edhe nga një lloj SFV i ngjashëm me SFV që gjendet në makakët nga zona të tjera gjeografike. Rritja e moshës ishte një faktor rreziku i rëndësishëm për transmetimin zoonotik të SFV te njerëzit. Seksi femëror dhe feja hindu gjithashtu mund të shoqërohen me rrezik të shtuar. Këto të dhëna u kombinuan me rezultatet tona të mëparshme15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al.Dinamika e popullsisë së makakëve rhesus dhe virusit të shkumëzuar të lidhur në Bangladesh. Infeksionet e Emergjencave të Mikrobeve 2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] sugjerojnë që lëvizja e lehtësuar nga njeriu i makakave, infeksionet e shumta SFV dhe rikombinimi retroviral të gjitha kontribuojnë në diversitetin retroviral në Bangladesh. MATERIALET DHE METODATSitet dhe popullatat e studimitPopullata e studimit përfshiu 209 subjekte njerëzore të mostruar në pesë komunitete vende (Sylhet, Bormi, Dhamrai, Narayanganj dhe Charmaguria), si dhe 13 pronarë majmunësh performues që i përkasin një grupi nomad që shfaqin shfaqje me makakët e tyre të stërvitur. Vendet e komunitetit u krijuan në vitin 2007 në zonat ku makakët gjenden lirshëm dhe ku banorët ishin të gatshëm të merrnin pjesë në hulumtimet gjatësore mbi transmetimin e agjentëve infektivë nga llojet e ndryshme. Ne provuam në mënyrë oportuniste pronarët e majmunëve performues, kur i takuam gjatë rrugës për në ose nga vendet tona të studimit në komunitet. Një analizë e diversitetit të SFV midis majmunëve nga Bangladeshi është paraqitur në studimin tonë shoqërues.15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. Dinamika e popullsisë së makakëve rhesus dhe virusi i shkumëzuar i lidhur në Bangladesh. Emerg Microbes Infect2013;2:e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Të dhënat nga ai studim janë gjithashtu pjesë e grupit të të dhënave SFV makake të hulumtuar në studimin aktual. Këtu paraqesim një përshkrim të shkurtër të vendeve në terren (Figura 1) të përfshira në këtë studim. Virusi zoonotik simian shkumës në Bangladesh pasqyron modele të ndryshme transmetimi dhe bashkëinfeksioniTë gjithë autorëtGregory A Engel, Christopher T Small, Khanh Soliven, Mostafa M Feeroz, Xiaoxing Wang, M Kamrul Hasan, Gunwha Oh, SM Rabiul Alam, Karen L Jackson, Frederick A Matsen IV, Maxine L Linial & Lisa Jones-Engelhttps://doi.org/10.1038/emi.2013.60Botuar në internet:25 janar 2019Figura 1 Vendndodhjet e kampionimit dhe diversiteti i shtameve SFV të zbuluara në zoonotikë të infektuar. Subjektet njerëzore u intervistuan dhe u morën kampione në pesë zona urbane në të gjithë Bangladeshin ku makakët rezus ishin me rreze të lirë. Kohët e fundit kemi treguar se në secilën prej këtyre vendeve një lloj (a) thelbësor i SFV -së mund të zbulohet në makakët. Emerg Microbes Infect2013;2:e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Llojet kryesore të Rhesus SFV janë të koduara me ngjyra në këtë hartë. Për subjektet njerëzore (të shënuara me 'BGH') të cilët u zbuluan se ishin të infektuar me SFV, ne morëm klone të shumëfishta nga gjaku i plotë dhe sekuencuam një pjesë të gjenit SGV gag. Të dhënat e sekuencës u përdorën për të krahasuar virusin e gjetur te njerëzit me atë të gjetur në makakët nga ai vend. Ngjyra e rrethit(eve) pranë secilit prej identifikuesve BGH nënkupton shtamin SFV që u zbulua te këta njerëz. Vini re se katër nga subjektet u infektuan njëkohësisht nga shtame të shumta SFV dhe se disa individë janë të infektuar si nga një lloj SFV autokton (me origjinë aty ku gjendet), ashtu edhe nga një lloj SFV i ngjashëm me SFV që gjendet në makakët nga zona të tjera gjeografike. nks, asnjë burim i njohur. Shfaq madhësinë e plotë Figura 1 Vendet e marrjes së mostrave dhe diversiteti i shtameve SFV të zbuluara në subjektet njerëzore të infektuar zoonotikisht. Subjektet njerëzore u intervistuan dhe u morën kampione në pesë zona urbane në të gjithë Bangladeshin ku makakët rezus ishin me rreze të lirë. Kohët e fundit kemi treguar se në secilën prej këtyre vendeve një lloj (a) thelbësor i SFV -së mund të zbulohet në makakët. Emerg Microbes Infect2013;2:e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Llojet kryesore të Rhesus SFV janë të koduara me ngjyra në këtë hartë. Për subjektet njerëzore (të shënuara me 'BGH') të cilët u zbuluan se ishin të infektuar me SFV, ne morëm klone të shumëfishta nga gjaku i plotë dhe sekuencuam një pjesë të gjenit SGV gag. Të dhënat e sekuencës u përdorën për të krahasuar virusin e gjetur te njerëzit me atë të gjetur në makakët nga ai vend. Ngjyra e rrethit(eve) pranë secilit prej identifikuesve BGH nënkupton shtamin SFV që u zbulua te këta njerëz. Vini re se katër nga subjektet u infektuan njëkohësisht nga shtame të shumta SFV dhe se disa individë janë të infektuar si nga një lloj SFV autokton (me origjinë aty ku gjendet), ashtu edhe nga një lloj SFV i ngjashëm me SFV që gjendet në makakët nga zona të tjera gjeografike. nks, asnjë burim i njohur. SylhetE vendosur në pjesën verilindore të vendit, brenda 35 km nga kufiri me provincën Assam të Indisë, Sylhet është qyteti i tretë më i madh në Bangladesh. Një popullatë prej rreth 125 makakë gjendet në faltoren e Shah Xhalalit në qendër të qytetit. Makakët e Sylhet shkojnë mbi vendin e faltores dhe në lagjen menjëherë ngjitur. Makakët e Shah Xhalalit sigurohen rregullisht nga stafi i faltores dhe shpesh marrin ushqim nga vizitorët në faltore. Katërmbëdhjetë subjekte njerëzore që jetojnë pranë faltores morën pjesë në studim. BormiNë qytetin Bormi, afërsisht 50 km në veri të Dhakës, më shumë se 200 makakë rhesus shtrihen në të gjithë fshatin, duke lëvizur lirshëm midis zonave hindu dhe myslimane, shpesh duke hyrë në shtëpi në kërkim e ushqimit. Edhe pse disa banorë të Bormit herë pas here ofrojnë ushqim për makakët, nuk ka furnizim të organizuar. Gjithsej 105 subjekte njerëzore nga Bormi morën pjesë në këtë studim. DhamraiQyteti i Dhamrai ndodhet 40 km në jugperëndim të Bormit. Përafërsisht 75-100 makakë lëvizin lirshëm nëpër Dhamrai. Makakët favorizojnë zonat me hije të mëdha dhe pemë frutore, të cilat gjenden më shpesh në lagjet hindu. Ashtu si në Bormi, nuk ka furnizim të organizuar me makakë. Nëntë subjekte nga Dhamrai u përfshinë në këtë grup të dhënash. NarayanganjNarayanganj është një qytet port me popullsi të dendur afërsisht 20 km në jug të Dhakës. Popullsia e makakëve rezus vazhdon të bjerë në këtë zonë pasi zhvillimi urban zhvendos hapësirat e gjelbra. Vlerësohet se 60 makakë në këtë qytet nuk janë të ushqyer dhe nuk janë mësuar mirë me njerëzit. Tridhjetë e gjashtë subjekte njerëzore nga Narayanganj morën pjesë në studim.CharmaguriaCharmaguria ndodhet 150 km në jug/jugperëndim të Dhakës përgjatë lumit Padma. > 200 makakë në këtë zonë sigurohen nga një organizatë lokale në një vend qendror, dhe zonat e bollshme të gjelbra në këtë qytet të vogël sigurojnë korridore natyrore përgjatë të cilave kafshët shtrihen gjerësisht. Dyzet e pesë subjekte njerëzore nga Charmaguria morën pjesë në studim. Protokollet e rekrutimit, miratimit të informuar dhe kampionimit, duke përfshirë ndjekjen e individëve pozitivë ndaj SFV, janë miratuar nga Bordi i Rishikimit të Subjekteve Njerëzore të Universitetit të Uashingtonit (23055) dhe një bord rishikues analog në Universiteti Jahangirnagar, Bangladesh. Të dhënat biologjike dhe demografike nga subjektet njerëzore u koduan me identifikues unikë, anonimë që filluan me 'BanGladesh Human' (BGH). Në çdo vend të komunitetit, anëtarët e ekipit të Bangladeshit filluan kontaktet me drejtuesit e lagjeve dhe identifikuan një vendndodhje qendrore brenda rrezes së makakëve për mbledhjen e të dhënave. Anëtarët e ekipit të Bangladeshit më pas u bashkuan me banorët e komunitetit dhe u nisën në këmbë, duke kërkuar pjesëmarrjen e njerëzve që e identifikonin veten si të kafshuar ose plagosur nga makakët. Kriteret e përfshirjes për subjektet përfshinin moshën më të madhe se 18 vjeç, ekspozimin e vetë-raportuar ndaj NHP dhe/ose qëndrimin afatgjatë (>20 vjet) në fshat. Pëlqimi i informuar me shkrim është marrë nga të gjitha subjektet. Të dhënat demografike dhe të dhënat që përshkruajnë ekspozimet ndaj NHP u morën përmes një pyetësori të administruar nga një anëtar i ekipit në gjuhën lokale, Bengalisht. Dhjetë mililitra gjak të plotë u mblodhën nga vena antekubitale e secilit subjekt në një tub që përmban acid tetraacetik etilen diaminë, i ruajtur në akull për jo më shumë se 12 orë, dhe më pas u centrifugua. Pjesët e gjakut të plotë dhe plazmës u ruajtën në -80 ° C derisa të analizoheshin. Për të marrë mostra mukozale bukale u përdorën shtupa sterile të Whatman Omni (Whatman, Piscataway, NJ, USA). Tamponët u vendosën menjëherë në 500 µL Qiagen Buffer RLT (Qiagen, Valencia, CA, USA) të ftohur në akull për jo më shumë se 12 orë përpara se të ngriheshin në -80 °C derisa të analizoheshin. Këto metoda janë në thelb identike me ato që kemi përdorur për të marrë dhe ruajtur mostra biologjike të marra nga makakët. Emerg Microbes Infect2013;2:e29. [Taylor & Francis Online], [Studiuesi Google] Përsëritni marrjen e mostrave të njerëzve të konfirmuar SFV pozitivNëse një subjekt njerëzor u konfirmua SFV pozitiv nga reaksioni zinxhir polimerazë (PCR), ekipi kërkimor u përpoq të kontaktonte dhe rimarr shembull subjektin përafërsisht 1 vit pas marrjes së mostrës fillestare . Protokollet e grumbullimit të mostrës biologjike për marrjen e mostrave pasuese të subjekteve pozitive SFV ishin të njëjtat të përdorura gjatë marrjes së mostrës fillestare. Përveç kësaj, subjektet pozitive ndaj SFV morën një provim të shkurtër fizik dhe u mblodh një histori e thellë mjekësore. Kampionimi i makakut rezus Dorëshkrimi ynë shoqërues për këtë projekt15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. Dinamika e popullsisë së makakëve rhesus dhe virusit të shkumëzuar të lidhur në Bangladesh. Emerg Microbes Infect2013;2:e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] ofron të gjitha protokollet e marrjes së mostrave të kafshëve dhe laboratorit. Sekuencat e gagës SFV nga një total prej 184 makakash rezus janë përfshirë në studimin e tanishëm (Figura 2). Ne përfshijmë gjithashtu në këtë grup të dhënash sekuenca të marra nga katër rezus, dy nga Dhamrai dhe dy nga Bormi, të cilat ne ishim në gjendje t'i rimarrëmojmë dy vjet pas kampionimit të tyre fillestar. Virusi zoonotik simian shkumës në Bangladesh pasqyron modele të ndryshme transmetimi dhe bashkëinfeksioniTë gjithë autorëtGregory A Engel, Christopher T Small, Khanh Soliven, Mostafa M Feeroz, Xiaoxing Wang, M Kamrul Hasan, Gunwha Oh, SM Rabiul Alam, Karen L Jackson, Frederick A Matsen IV, Maxine L Linial & Lisa Jones-Engelhttps://doi.org/10.1038/emi.2013.60Botuar në internet:25 Janar 2019Figura 2 Klasifikimi i tendosjes së gjakut për majmunët nga popullatat e kampionimit. Për çdo majmun, një shirit ngjyrash që korrespondon me popullatën e mostrës së majmunëve është paraqitur në (A) dhe pllakat me ngjyra që korrespondojnë me shtamet e vërejtura brenda kampionit të gjakut të atij majmuni të paraqitura në (B). Shtamet jo-bërthamë janë etiketuar sipas marrëdhënieve rikombinuese të vendosura me shtamet prindërore. Përputhjet pozitive përcaktohen me të paktën 90% gjasa për 200 ose më shumë çifte bazë të afërta në një analizë cBrother. Rajonet e gjenomit që nuk përputhen me shtame prindërore mbi këtë prag për të paktën 200 nt u shënuan si nks (nuk ka burim të njohur). Ky është një version i thjeshtuar i një figure nga letra shoqëruese për këtë studim,15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al.Dinamika e popullsisë së makakëve rhesus dhe virusit të shkumëzuar të lidhur në Bangladesh. Emerg Microbes Infect2013;2:e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] por me klasifikime të përditësuara të shtameve. Shfaq madhësinë e plotë Figura 2 Klasifikimet e tendosjes së gjakut për majmunët nga popullatat e kampionimit. Për çdo majmun, një shirit ngjyrash që korrespondon me popullatën e mostrës së majmunëve është paraqitur në (A) dhe pllakat me ngjyra që korrespondojnë me shtamet e vërejtura brenda kampionit të gjakut të atij majmuni të paraqitura në (B). Shtamet jo-bërthamë janë etiketuar sipas marrëdhënieve rikombinuese të vendosura me shtamet prindërore. Përputhjet pozitive përcaktohen me të paktën 90% gjasa për 200 ose më shumë çifte bazë të afërta në një analizë cBrother. Rajonet e gjenomit që nuk përputhen me shtame prindërore mbi këtë prag për të paktën 200 nt u shënuan si nks (nuk ka burim të njohur). Ky është një version i thjeshtuar i një figure nga letra shoqëruese për këtë studim,15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al.Dinamika e popullsisë së makakëve rhesus dhe virusit të shkumëzuar të lidhur në Bangladesh. Emerg Microbes Infect2013;2:e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] por me klasifikime të përditësuara të shtameve. Zbulimi i SFV Linja qelizore e fibroblastit rezus makaku telo-RF19Kirchoff V, Wong S, St JS, Pari GS. Gjenerimi i një linjeje të qelizave rezus të zgjeruar për jetën për fibroblastin e majmunit rritja e rhesus rhadinovirus (RRV). Arch Virol2002;147:321–333. [Crossref], [Google Scholar] u infektua me SFV M. mulatta ose M. fascicularis, ose e mbetur e pa infektuar. Pas 48 orësh, qelizat u lizuan në tampon kampioni 1× dodecil sulfat natriumi (50 mM Tris-HCl (pH 6.8), 10% glicerinë, 2% dodecil sulfat natriumi, 5% 2-merkaptoetanol, 0.01% bromofenol e kaltër) dhe mostrat troforizuar përmes xhelit poliakrilamid 10%. Pas transferimit të proteinave në membranat poliviniliden difluoride (Millipore Billerica, MA, USA), membranat u bllokuan në solucion fiziologjik të puferuar me fosfat + 0.05% Tween-20 që përmban 2% qumësht të thatë pa yndyrë dhe shpëlahen me ujë dhe lihen të thahen. U bënë shirita, secila përmban tre korsi (shënues i peshës molekulare, Telo-RF të pa infektuar dhe lizate të qelizave të infektuara Telo-RF) dhe antitrupi primar (plazma njerëzore) u shtua në një hollim 1∶20 dhe u inkubua gjatë natës në 4 °C. Shiritat u lanë tre herë në solucion fiziologjik të izoluar me fosfat + 0.05% Tween-20 përpara se të shtohej peroksidaza dytësore kundër dhisë kundër rrepkës së kalit (Thermo Scientific and GE Healthcare Rochester, NY, USA) në një hollim 1∶5000 për 1 orë në temperaturën e dhomës. . Shiritat u lanë edhe tre herë të tjera përpara se të shpëlaheshin me ujë dhe të aplikohej një substrat i stabilizuar me 3,3',5,5'-tetramethylbenzidine për peroksidazën e rrepkës së kuajve (Promega Madision, WI, USA) për të vizualizuar brezat. Plazma nga BGH4, një njeri i njohur SFV pozitiv20Jones-Engel L, May CC, Engel GAet al. Kontekste të ndryshme të transmetimit zoonotik të viruseve me shkumë simian në Azi. Emerg Infect Dis2008; 14:1200-1208. [Crossref], [Google Scholar] u përdor si një kontroll pozitiv. Izolimi i ADN-së nga gjaku i plotë Totali i ADN-së gjenomike u nxor nga gjaku i plotë i njerëzve duke përdorur mini-kitin e gjakut QIAamp DNA (Qiagen) sipas protokollit të prodhuesit. Ne ekstraktuam ADN-në nga 200 µL gjak të plotë. ADN-ja e pastruar u elua në 200 µL bufer AE. Amplifikimi PCR i fragmenteve gag dhe pol nga ADN gjenomike 15 µL të ADN-së së izoluar u përdor për amplifikimin PCR të fragmenteve gag ose pol me një PCR me dy raunde. PCR i raundit të parë ishte një reagim multiplex me abetaret gag dhe pol (sekuenca abetare: G1 (+) (nt 114-134, marrë nga sekuenca SFV1 GeneBank NC_001364 NC_001736) 5′-AGG ATG GTG GGG ACC AGC TA-3 ′; G2 (−) (nt 1451–1433) 5′-CAG GAA GAG GTA CTC GGG G-3′; P1 (+) (nt 5179–5200) 5′-GCC ACC CAA GGA AGT TAT GTG G-3′; P2 ( −) (nt 5768-5749) 5'-GCT GCC CCT TGG TCA GAG TG)-3'. Reaksionet u denatyruan në 95 °C për 3 minuta, pasuar nga dy cikle prej 95 °C për 30 s, 38 °C për 1 min, 72 °C për 1 min, më pas u pasuan nga 25 cikle prej 95 °C për 30 s. , 52 °C për 1 min dhe 72 °C për 1 min. Uji u përdor si kontroll negativ. 2 µL të produktit PCR u përdor si shabllon për raundin e dytë të PCR. Abetare ose gag ose pol (G3 (+) (nt 190-212) 5'-CAA CCT AGA TGG AGA GCT GAA GG-3'; G4 (−) (nt 1425-1406) 5'-GGG GAC AAA CTA CGG CTG GG-3′; P5 (+) (nt 5339–5361) 5′-TAA TCC TCC AGG GTA TCC AAA A-3′; P6 (−) (nt 5728–5707) 5′-ATA CCA TCG ACT ACA AGG A-3') u përdorën për të përforcuar fragmente individuale. Reaksionet u denatyruan në 95 °C për 3 minuta, të ndjekura nga 35 cikle prej 95 °C për 30 s, 52 °C për 1 min dhe 72 °C për 1 min. Madhësitë e pritura të produkteve PCR për gag dhe pol janë përkatësisht 1235 bps dhe 390 bps. Klonimi dhe renditja e fragmenteve të gag Produktet FV PCR u pastruan me xhel duke përdorur një kit për nxjerrjen e xhelit QIAquick (Qiagen) sipas protokollit të prodhuesit. Fragmentet e pastruara u lidhën në vektorin e klonimit TOPO-TA (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) dhe u transformuan në qeliza kompetente Escherichia coli TOP10 (Invitrogen). U zgjodhën koloni të shumta të vetme për çdo mostër gag dhe ADN-ja plazmidike u pastrua dhe u rendit. Sekuenca u krye duke përdorur primerë përpara dhe të kundërt M13, si dhe primerë të brendshëm përpara dhe të kundërt për gag nga Universiteti i Uashingtonit Gjenomics Facility ose GeneWiz Inc. (Seattle, WA, SHBA). Llojet virale shënohen duke përdorur shkronja të vogla për t'i dalluar ato nga vendet gjeografike ku u morën mostrat e njerëzve ose makakëve (p.sh., Dhamrai është një vend studimi ku u zbulua sforcimi i bërthamës dhamrai). (Qiagen) u shkrinë në 37 °C për 15 minuta me 40 U të frenuesit të ribonukleazës RNaseOUT (Invitrogen) dhe 1 U të DNase I pa RNase (Promega) menjëherë përpara nxjerrjes së ARN-së. ARN totale është nxjerrë sipas protokollit standard duke përdorur RNeasy Mini Kit (Qiagen). ARN u trajtua përsëri me 40 U RNaseOUT dhe 1 U DNase I pa RNase në 37 °C për 1 orë. Mostrat më pas u inkubuan në 65 °C për 15 minuta për të çaktivizuar enzimat. ARN u ruajt në -20 °C për përdorim të mëvonshëm. Transkriptimi i kundërt-PCR (RT-PCR) i shtupës bukale RNART-PCR u krye për të klonuar sekuencat e pjesshme të gag (1235 bp) nga ARN e shtupës bukale. cDNA e vargut të parë u sintetizua duke përdorur sistemin Thermoscript RT-PCR (Invitrogen) sipas protokollit të prodhuesit duke përdorur një primer Oligo(dT)18. Reaksionet RT u çaktivizuan në 85 °C për 5 minuta. cDNA-të që rezultuan u përdorën si shabllon për PCR me dy raunde, siç përshkruhet më sipër për amplifikimin e gag të FV të gjakut të plotë. Analiza Metodat e grupimit dhe analiza e hipermutacionit Sekuencat nën ekzaminim në këtë studim shfaqën prova të hipermutacionit të ndërmjetësuar nga APOBEC3. Një analizë e plotë e këtij aktiviteti është paraqitur në Matsen et al. (Pabotuar). Kjo analizë prodhoi shtrirje të sekuencës negative të hipermutacionit të supozuar duke hequr kolonat e dyshuara për hipermutacion. Këto rreshtime u përdorën për pjesën e mbetur të analizave në këtë studim, me qëllim që të shmanget ngatërrimi i hipermutacionit dhe sinjalit të mirëfilltë filogjenetik. Analizat filogjenetikeNjë pemë filogjenetike u ndërtua nga shtrirja e supozuar pa hipermutacione duke përdorur FastTree 2.1.7.21Price MN.DreeAP llogaritja e pemëve të mëdha të evolucionit minimal me profile në vend të një matrice të distancës. Mol Biol Evol2009; 26:1641–1650. [Crossref], [Web of Science®], [Google Scholar], 22Price MN, Dehal PS, Arkin AP.FastTree 2—pemë me përafërsisht probabilitet maksimal për shtrirje të mëdha. PLoS ONE2010; 5: e9490. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] Kjo pemë është vizualizuar duke përdorur Archeopteryx (https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/archaeopteryx). Nga e njëjta shtrirje, SplitsTree 4.12.823Huson DH, Bryant D. Aplikimi i rrjeteve filogjenetike në studimet evolucionare. Mol Biol Evol2006; 23:254–267. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] u përdor për të prodhuar një rrjet ndarjesh. Analiza e sforcimeve Shtesat u identifikuan duke kaluar shtrirjen hipermutacion-negativ përmes një algoritmi grupimi përsëritës të rindërtimit. U zbulua se një aplikim i vetëm i UCLUST v1.124Edgar RC.Kërkimi dhe grupimi i urdhrave të madhësisë më shpejt se BLAST. Bioinformatika2010;26:2460–2461. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] prodhuan rezultate të dobëta të grupimit për shkak të natyrës së pangopur të algoritmit. U zbatua një algoritëm i rinovimit përsëritës, i sugjeruar nga autori i UCLUST në http://drive5.com/usearch/manual/recenter.html, i cili trajtoi mirë këtë çështje. Për çdo raund grupimi, sekuencat e konsensusit nga raundi i mëparshëm u shtuan në krye të një shtrirjeje pa boshllëqe, sipas renditjes së madhësisë së grupimit nga më e madhja në më e vogla. Për këtë përsëritje, grupimi u krye duke përdorur cluster_smallmem, duke prodhuar sekuenca dhe grupime të reja konsensusi. Ky proces u përsërit dy herë. Detyrat e grupimit u rregulluan më tej nga një skenar që gjeti qendrën e vërtetë të secilit grup, siç përcaktohet nga sekuenca me distancë mesatare minimale të normalizuar Hamming në çdo sekuencë tjetër në grup. Skripti u kontrollua më pas për t'u siguruar që çdo sekuencë të grumbullohej me qendrën me të cilën ishte më afër (përsëri, siç përcaktohet nga distanca e normalizuar e Hammingut), duke bërë ricaktime sipas nevojës. Ky algoritëm përsëritës u zbatua duke përdorur një prag prej 97.77%. Ky prag, ndonëse pak më i lartë se ai i përdorur në studimin tonë shoqërues,15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al.Dinamika e popullsisë së makakëve rhesus dhe virusit të lidhur me shkumë në Bangladesh. Emerg Microbes Infect2013;2:e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] pasqyron më mirë sasinë disi më të ulët të diversitetit të sekuencave si rezultat i heqjes së kolonave të dyshuara për hipermutacion. Siç u përmend më lart, shtamet virale shënohen duke përdorur shkronja të vogla për t'i dalluar ato nga vendet gjeografike ku u morën mostrat e njerëzve ose makakëve (p.sh., Dhamrai është një vend studimi ku u gjet kryesisht sforcimi i dhamrai). Metodat statistikore Analiza statistikore e variablave demografike u kryer duke përdorur paketën softuerike statistikore JMP (Instituti SAS, Cary, NC, USA); analiza e tabelave të paparashikuara u krye me funksionin R fisher.test.25 Ekipi Qendror i R. R: Një gjuhë dhe mjedis për llogaritjen statistikore. Vjenë: R Foundation for Statistical Computing, 2012. [Google Scholar]REZULTATET Të dhënat demografike duke përfshirë ekspozimin e NHPGjatë një periudhe 5-vjeçare, 2007–2011, u mblodhën mostra biologjike nga 222 persona.

Lini një mesazh 

Lista mesazh